Program Mutiara Tahfidz: Mendedikasikan civitas yayasan untuk senantiasa mencintai dan menghafal Al-Qur'an.
"Mutiara Tahfidz merupakan program unggulan yang dicanangkan oleh yayasan, program ini didedikasikan kepada seluruh civitas Yayasan Pendidikan Mutiara Madina agar senantiasa menghafal Al-Qur’an dari tahap dasar sampai dengan tahap professional dengan harapan mampu menciptakan generasi yang mandiri, berakhlaqul karimah sesuai dengan tata nilai qur’ani."
Tiga Tahapan Pembinaan Mutiara Tahfidz
Tingkat 1
Tahap Dasar
Pembinaan makharijul huruf, kaidah tajwid dasar, tahsin tilawah, serta hafalan Juz 30 (Juz 'Amma).
Tingkat 2
Tahap Menengah
Hafalan mutqin berkala, setoran harian, pendalaman makna ayat, dan penguatan adab penghafal Al-Qur'an.
Tingkat 3
Tahap Profesional
Khatam 30 Juz, pembentukan kepribadian mandiri, kepemimpinan, dan kesiapan berkontribusi di masyarakat luas.